La historia de Nogales comienza oficialmente en 1880, cuando la Compañía del Ferrocarril de Sonora obtuvo autorización para construir una terminal en la frontera. El lugar elegido fue el arroyo de los Nogales, en el distrito de Magdalena, un sitio que por entonces era casi deshabitado, salvo por algunos miembros de la familia Elías.

Con la llegada del ferrocarril y la instalación de una aduana fronteriza autorizada por el gobierno federal, el desarrollo no se hizo esperar. En noviembre de 1882 se inauguró formalmente el Ferrocarril de Sonora, marcando un antes y un después para la región. Poco tiempo después, el entonces gobernador Torres ordenó trazar el plano urbano y establecer el fundo legal de lo que se convertiría en una nueva población.